Dějiny lokality se začaly prát v první třetině 9. století, kdy Slované spolu s misionáři z Akvileje a ze Salcburku, začali stavět kostel na půdorysu řeckého kříže. V roce 863 na toto místo přišla byzantská misie, v jejímž čele stál Konstantin a jeho bratr Metoděj. K původnímu kostelu byl přistavěn kostel s apsidou, který se stal místem výuky mnichů. Bratři však po čtyřech letech odešli a v roce 873 se vrátil zpět již jen Metoděj, nyní ale už jako arcibiskup moravský panonský. V blízkosti kostela byla vybudována velká halová stavba, která se stala arcibiskupovým sídlem. Pro jeho žáky bylo postaveno srubové sídliště s dílnami a obytnými domy a ke kostelu byla přistavěna kaple s hrobovou komorou.  V roce 885 Metoděj zemřel a byl pohřben do hrobky ve zdi kostela. V souvislosti s odchodem jeho žáků byly později Metodějovy ostatky vyzvednuty a přeneseny na neznámé místo.