Činnost Sdružení se ve všech aspektech soustřeďuje na uchování, ochranu a trvalou využitelnost našeho kulturního dědictví. K dosažení tohoto cíle, a tím i naplnění účelu existence, SHS ČMS zejména:

• popularizuje, zveřejňuje a propaguje význam, souvislosti a problémy kulturního dědictví,
• pořádá veřejnosti přístupné výstavy, odborné semináře, konference apod.,
• uplatňuje specifické problémy historických sídel při úpravě či tvorbě právních norem,
• spolupracuje s organizacemi a institucemi s posláním shodným s cíli SHS ČMS, které působí
  v České republice i v zahraničí

Od roku 1994 je udělována Cena za nejlepší přípravu a realizaci Programu regenerace MPR a MPZ spojená s právem používat titul "Historické město roku".

Počínaje rokem 1991 jako spolupořadatel, od roku 1998 pak jako hlavní gestor v České republice Sdružení organizuje vždy v měsíci září Dny evropského dědictví - Dny otevřených dveří památek (European Heritage Days - EHD), což je rozsáhlý celoevropský projekt, který vede k neformálnímu uvědomování si kořenů našich národních identit a ochraně kulturního odkazu našich předků. Dny evropského dědictví probíhají pod záštitou Rady Evropy a v naší republice též pod záštitou vrcholných státních orgánů.

Další aktivitou jsou Brány památek dokořán - v měsíci dubnu členská města připravují zajímavý program (výstavy, prohlídky, koncerty, zpřístupňují památky...) u příležitosti Mezinárodního dne památek a sídel (18.4.).

Metodické působení Sdružení spočívá v pořádání odborných seminářů a konferencí. Kromě zcela odborných tematik, jako např. barva a detail v architektuře nebo zeleň v historických sídlech se v posledních letech širší zájem soustřeďoval na propojení okruhů památkové ochrany
a ekonomického rozvoje jak historických měst, tak i celé země, dotýkal se problematiky cestovního ruchu, oblastí nové výstavby v historické zástavbě měst.

Sdružení uplatňuje specifické problémy historických sídel při úpravě stávajících a navrhování nových právních norem, které ovlivňují ekonomické a právní postavení obcí i jejich hospodaření.

Sdružení je partnerem Ministerstva kultury ČR, Ministerstva pro místní rozvoj ČR a Ministerstva životního prostředí ČR, orgánů vrcholných zastupitelských sborů, odborných nestátních institucí působících v oblasti památkové péče, nezávislých neziskových organizací zabývajících se péčí o národní dědictví a spolupracuje s dalšími organizacemi a institucemi působícími v ČR i v zahraničí, jejichž poslání je shodné s jeho cíli.